En juin 1997, TSR est racheté par Wizards of the Coast, éditeur à succès du jeu de carte Magic: The Gathering, lui-même reprit par Hasbro en 1999. Durant la Gen Con de 1999 justement, le nouveau propriétaire de la marque annonce le développement d'une nouvelle édition de Dungeons & Dragons, et lors de la Gen Con suivante, en aôut 2000, après plus d'un an de développement, Wizards of the Coast sort la troisième édition de D&D, soit encore une fois 11 ans après la précédente. Le Dungeon Master's Guide sortira en septembre et le Monster Manual en octobre. Même si le terme Advanced ne figure plus sur les livres, cette 3ème édition est toutefois clairement tirée de la branche AD&D. La mécanique est revue en profondeur par les trois principaux auteurs qui sont Monte Cook, Jonathan Tweet et Skip Williams, et donne naissance au système d20 (open source). Le système est beaucoup plus cohérent et unifié, avec pratiquement toutes les actions résolues avec un seul dé à 20 faces, et de nombreuses nouvelles options, de combat en particulier, font leur entrée dans les règles de base.

En juin 2003 sort l'édition 3.5, qui corrige plusieurs erreurs de conception de la version 3.